原則として、EPA税率はMFN税率よりも低いが、EPA税率の方が高くなってしまうこともある。関税撤廃の基準となる税率（基準税率）はEPA交渉時のMFN税率であることが多いため、EPA交渉時から発効までの間にMFN税率が引き下げられる場合にこの現象が起きる。これを逆転税率と言う。