日本が締結しているEPAに規定される原産品の基準を満たしていることを証明する書類。輸入申告時、輸入国税関に提出し、受理されることでEPAに規定される特恵税率を享受することができる。特定原産地証明書には、第一種特定原産地証明書と第二種特定原産地証明書の２種類があり、第一種特定原産地証明書は第三者証明制度を採用しているEPAで用いられ、日本国においては指定発給機関とされている日本商工会議所により発給される。（但し、日シンガポール協定の場合は、日本商工会議所でなく各地の商工会議所で発給される。）第二種特定原産地証明書は、経済産業大臣の認定を受けた輸出者（認定輸出者）が作成できるものとなっており、日スイス協定、日メキシコ協定、日ペルー協定の３協定のみ用いることが可能。
EPAの説明資料においては、原則的に第一種特定原産地証明書のことを指す。