技術の進歩により世界に流通する品物が時代と共に変わることや、貿易構造の変化に対応するため、約5年に一度、世界税関機構（WCO）は、HS条約に規定される6桁のHS品目表の改正を行っている。HSコードが改正された年のバージョンを指す。改定は下記の通りに行われている。
・HS2002年版
・HS2007年版
・HS2012年版
・HS2017年版
原則として、輸出入申告では最新の改訂版が使用されるが、EPAでは、各協定の原産地規則や関税引き下げスケジュールが、協定交渉時に利用されていたバージョンで規定さられていることから、協定毎に採用しているHSコードのバージョンが異なる点に留意が必要。利用する協定が古いバージョンで規定されている場合、特定原産地証明書や自己申告書もに記載する輸出産品のHSコードは規定のバージョンにて記載しなければならないため、輸出入申告で使用される最新版のHSコードに加えて、利用協定に規定される古いバージョンのHSコードも把握する必要がある。