日本が締結しているEPAで、第三者証明制度を採用している協定では、輸出締約国の権限のある政府当局が自国の法令に基づき、原産地証明書の発給を行う団体を指定することができる。日本において「EPAに基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律」に基づき、経済産業大臣が指定した、特定原産地証明書の発給機関のことを指定発給機関という。現在は日本商工会議所が指定発給機関となる。そのため、日本において第三者証明制度が採用されているEPAでは、日本商工会議所へ企業登録をし、輸出品が利用するEPAの原産品であることの審査を受け、特定原産地証明書の発給を受ける必要がある。
