日本では、第三者証明制度を採用している協定において、日本商工会議所が運営する特定原産地証明書発給システムを利用して、特定原産地証明書の発給にかかる手続きを行うためには、予め企業登録が必要となる。企業登録は一法人または個人につき、一登録となる。登録が完了すると、システムを利用する為の、URL・ID・パスワードが通知される。