輸出品が利用したEPAの原産地規則を満たしているか、輸入国当局にて事後的な調査を行うこと。実施方法は、書面による確認と、訪問による調査がある。何れのEPAにも規定されている条項となるが、協定により以下の点が異なる。
・調査対象（輸入者、輸出者、生産者）
・輸出者が対象となる場合、書面による確認の実施方法（直接検認、間接検認）
・検認対象期間
原産地規則を満たしているか疑義がなくても、要請されることがある。検認での調査内容は、主に以下の3点と言われている。
①輸出品が利用したEPAに規定されている原産品の基準を満たしているか
②輸出品にかかる原産地証明書・自己申告書の記載事項は正確か
③輸出品は、利用したEPAで定められている積送基準を満たして輸送されたか
調査の結果、輸入国当局が原産性を認ないと判断した場合は、輸入国において、減免を受けた関税の追徴の他、延滞税や罰則等の対象となる可能性がある。輸出国においても国内法により罰則等の規定がされており、虚偽の申請と判断される場合には、第三者証明制度・認定輸出者制度においては「EPAに基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律」（第35条、第36条）、自己申告制度においては「EPAに基づく申告原産品に係る情報の提供等に関する法律」（第11条）にて、輸出者や原産資格を証明した生産者に対して罰則が規定されている。