輸出品が利用したEPA原産地規則を満たしているか、輸入国当局にて事後的な調査を行うこと。実施方法は、書面による確認と、訪問による調査がある。何れのEPAにも規定されている条項となるが、協定により以下の点が異なる。

 ・調査対象(輸入者、輸出者生産者
 ・輸出者が対象となる場合、書面による確認の実施方法(直接検認間接検認
 ・検認対象期間

原産地規則を満たしているか疑義がなくても、要請されることがある。検認での調査内容は、主に以下の3点と言われている。

 ①輸出品が利用したEPAに規定されている原産品の基準を満たしているか
 ②輸出品にかかる原産地証明書・自己申告書の記載事項は正確か
 ③輸出品は、利用したEPAで定められている積送基準を満たして輸送されたか

調査の結果、輸入国当局が原産性を認ないと判断した場合は、輸入国において、減免を受けた関税の追徴の他、延滞税や罰則等の対象となる可能性がある。輸出国においても国内法により罰則等の規定がされており、虚偽の申請と判断される場合には、第三者証明制度認定輸出者制度においては「EPAに基づく特定原産地証明書の発給等に関する法律」(第35条、第36条)、自己申告制度においては「EPAに基づく申告原産品に係る情報の提供等に関する法律」(第11条)にて、輸出者原産資格を証明した生産者に対して罰則が規定されている。